กองคลัง เป็นหน่วยงานระดับกองตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ที่ผนวกภารกิจของหน่วยงานเดิม จำนวน 3 หน่วยงานเข้าด้วยกัน คือ ฝ่ายการเงิน ฝ่ายพัสดุ และฝ่ายทรัพย์สินและรายได้ โดยเป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ซึ่งเดิมใช้ชื่อว่า “สำนักงานอธิการ” เป็นส่วนราชการที่ตั้งขึ้น ตามมาตรา 7 แห่งพระราชบัญญัติวิทยาลัยครู พ.ศ.2518 ต่อมาเมื่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนาม “สถาบันราชภัฏ” ให้แก่วิทยาลัยครู สำนักงานอธิการจึงเปลี่ยนชื่อเป็นสำนักงานอธิการบดี ตามมาตรา 10 แห่งพระราชบัญญัติสถาบันราชภัฏ พ.ศ.2538 แบ่งหน่วยงานภายในออกเป็น 11 ฝ่าย ได้แก่ ฝ่ายเลขานุการ ฝ่ายธุรการ ฝ่ายการเงิน ฝ่ายพัสดุ ฝ่ายนิติการและการเจ้าหน้าที่ ฝ่ายอาคารสถานที่ ฝ่ายยานพาหนะ ฝ่ายประชาสัมพันธ์ ฝ่ายสุขาภิบาลและประปา ฝ่ายสวัสดิการและรักษาความปลอดภัย ฝ่ายไฟฟ้า แสงเสียงและโทรศัพท์
ต่อมาในปี พ.ศ. 2544 ได้มีการปรับเปลี่ยนหน่วยงานภายในสำนักงานอธิการบดีออกเป็น 16 ฝ่าย ได้แก่ ฝ่ายการเงิน ฝ่ายพัสดุ ฝ่ายการเจ้าหน้าที่ ฝ่ายเลขานุการ ฝ่ายธุรการ ฝ่ายวินัยและนิติการ ฝ่ายยานพาหนะ ฝ่ายรักษาความปลอดภัย ฝ่ายไฟฟ้าแสงเสียงและโทรศัพท์ ฝ่ายประปา ฝ่ายสุขาภิบาลและสิ่งแวดล้อม ฝ่ายสวัสดิการ ฝ่ายงบประมาณ ฝ่ายออกแบบก่อสร้าง ฝ่ายควบคุมการก่อสร้าง และฝ่ายบริหารงานอาคารสถานที่ก่อสร้าง พ.ศ. 2547 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 ซึ่งส่งผลให้ “สถาบันราชภัมหาสารคาม” ได้เปลี่ยนสถานะเป็น “มหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม” ตั้งแต่ วันที่ 15 มิถุนายน 2547 เป็นต้นมา ซึ่งใช้ชื่อภาษาอังกฤษว่า “Rajabhat Maha Sarakham University” และกระทรวงศึกษาธิการ ได้แบ่งส่วนราชการของมหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม ออกเป็น 10 หน่วยงานตามกฎกระทรวง เรื่อง การจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2547 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 8 มีนาคม 2548 หน้า 52 เล่ม 122 ตอนที่ 20 ก และมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 1 มีนาคม 2547 ให้จัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม ดังนี้
1.สำนักงานอธิการบดี
2. คณะครุศาสตร์
3. คณะเทคโนโลยีการเกษตร
4. คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์
5. คณะวิทยาการจัดการ
6. คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
7. สำนักศิลปะและวัฒนธรรม
8. สถาบันวิจัยและพัฒนา
9.สำนักวิทยบริการและเทคโนโลยีสารสนเทศ
10.สำนักส่งเสริมวิชาการและงานทะเบียน
และ พ.ศ. 2548 มหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม ได้ประกาศจัดตั้งหน่วยงานในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ตาม (ร่าง) ประกาศกระทรวงออกเป็น 7 กอง ประกอบด้วย กองกลาง กองการเจ้าหน้าที่ กองกิจการนักศึกษา กองคลังและพัสดุ กองทรัพย์สินและรายได้ กองแผนงาน และกองอาคารสถานที่ เมื่อวันที่ 23 มิถุนายน 2549 กระทรวงศึกษาธิการ ได้ออกประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม พ.ศ. 2549 และได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับประกาศและงานทั่วไป เล่มที่ 123 ตอนที่ 74 ง วันที่ 3 สิงหาคม 2549 แบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดีออกเป็น 5 กอง ดังนี้ 1.กองกลาง 2.กองคลัง 3.กองบริหารงานบุคคล 4.กองนโยบายและแผน 5.กองพัฒนานักศึกษา
ในปี พ.ศ. 2549 มหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม ได้ประกาศแบ่งหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม ตามมติสภามหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม โดยกองคลังแบ่งหน่วยงานออกเป็น 6 กลุ่มงาน ดังนี้ 1.กลุ่มงานธุรการ 2.กลุ่มงานการเงินและบัญชี 3.กลุ่มงานพัสดุ 4.กลุ่มงานงบประมาณ 5.กลุ่มงานระบบ GFMIS 6.กลุ่มงานทรัพย์สินและรายได้